Molecule

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3D分子データ用のWandbクラス。

Molecule(
    data_or_path: Union[str, 'TextIO'],
    caption: Optional[str] = None,
    **kwargs
) -> None
arg
data_or_path (string, io) Moleculeは、ファイル名またはio オブジェクトから初期化できます。
caption (string) 表示用に分子に関連付けられたキャプション。

メソッド

from_rdkit

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@classmethod
from_rdkit(
    data_or_path: "RDKitDataType",
    caption: Optional[str] = None,
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

RDKitがサポートするファイル/オブジェクトタイプをwandb.Moleculeに変換します。

arg
data_or_path (string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) Moleculeは、ファイル名またはrdkit.Chem.rdchem.Molオブジェクトから初期化できます。
caption (string) 表示用に分子に関連付けられたキャプション。
convert_to_3d_and_optimize (bool) 3D座標を持つrdkit.Chem.rdchem.Molに変換します。これは、複雑な分子の場合、時間がかかる可能性のあるコストのかかる操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数

from_smiles

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@classmethod
from_smiles(
    data: str,
    caption: Optional[str] = None,
    sanitize: bool = (True),
    convert_to_3d_and_optimize: bool = (True),
    mmff_optimize_molecule_max_iterations: int = 200
) -> "Molecule"

SMILES文字列をwandb.Moleculeに変換します。

arg
data (string) SMILES文字列。
caption (string) 分子表示に関連付けられたキャプション
sanitize (bool) RDKitの定義により、分子が化学的に合理的であるかどうかを確認します。
convert_to_3d_and_optimize (bool) 3D座標を持つrdkit.Chem.rdchem.Molに変換します。これは、複雑な分子の場合、時間がかかる可能性のあるコストのかかる操作です。
mmff_optimize_molecule_max_iterations (int) rdkit.Chem.AllChem.MMFFOptimizeMolecule で使用する反復回数
クラス変数
SUPPORTED_RDKIT_TYPES
SUPPORTED_TYPES

最終更新 April 3, 2025